Ботанический сад Никко занимает площадь 10,5 гектар и расположен в холмистой местности на высоте 647 метров над уровнем моря. Сад находится в ведении Токийского университета и является филиалом ботанического сада Коисикава, созданным в 1902 году для изучения альпийский растений.